卡羅拉關于手自一體的手動模式使用，首先踩住剎車將檔位向下拉掛入“D”檔，然后向左推動檔桿掛到“M”擋，此時即掛入手動模式，當需要增減檔位時，在此基礎上向前推動檔桿+為升1檔，向后拉-為降1檔。注意，當車速及發動機轉速不到要求時是升不上擋位的，駕駛員的每一步操作要經過變速箱控制單元的允許。手動模式下車速低了，變速箱會主動降檔但是不會主動升檔。向左回撥恢復自動模式，手動和自動可以隨時切換，無需剎車，油門也可以不松。

使用手自一體變速器的手動換擋模式，對車對人都是一件好事——車輛的燃油經濟性會有所改善，駕駛員也能收獲更爽快的駕駛體驗；更重要的是，在手動模式下駕駛，安全系數會比自動模式時更高。手自一體變速器的手動升擋操作和手動變速箱是一個道理，即根據發動機的轉速，來決定升擋時機。

卡羅拉手自一體和手動檔換擋邏輯相同，超車之前，如果變速器處于高擋位，我們首先要做的是降擋，而不是繼續深踩油門。利用變速器的手動模式迅速降擋，車輛就能借助低擋位的高扭矩瞬間提速，更快地完成超車動作。這里說的降擋，并非每次超車前都一定要降至3擋以內的低擋位，而是在當前擋位上降低一擋，保持發動機轉速在2500rpm左右，便能獲得提速所需的足夠扭矩。