科目三手動擋考試全過程主要包括以下步驟：

1、上車準備：考生需要繞車一圈，觀察周圍環境是否適合起步，并注意檢查汽車前后方是否有障礙物或異常情況。確認無問題后上車，調整座椅和后視鏡的角度，并系好安全帶。

2、夜間燈光模擬：按照考試系統的語音提示進行夜間燈光操作。

3、起步：將離合踩到底，掛入一檔，放手剎，打左轉向燈并按喇叭，回頭觀察確認安全后起步。

4、直線行駛：當車速達到10-20千米/小時時，換入二檔；當車速達到20-30千米/小時時，換入三檔；當車速達到30-40千米/小時時，掛入四檔。

5、變道：觀察后視鏡，確定后方沒有來車，打開轉向燈，進行變道，但每次只能跨越一個車道。

6、通過路口：在通過路口時需要適當減速。

7、會車：與對向來車會車時要保持安全距離。

8、超車：觀察后視鏡，確認后方沒有來車，打開轉向燈，并在確認安全的情況下進行超車。

9、掉頭：掉頭時需要控制好車速，適時減速和減檔。

10、通過人行橫道、學校、公交車站：必要時需要停車禮讓行人通過人行橫道，而在學校附近和公交車站附近車速不能超過30km/h。

11、靠邊停車：靠邊停車時需要提前減速，打開右轉向燈，并在停車后拉起手剎。