大眾新捷達手動變速箱是大眾自家的MQ200五速手動變速箱，大眾汽車著名的5速MQ手動變速箱，檔位清晰，準確性極佳的吸合式入檔是大眾的首創。而倒檔則延續大眾傳統的下壓式，使倒檔與1檔切換的動作最小化，檔位切換方便快捷。匹配發動機來看，可以為駕駛者提供充沛的駕駛樂趣，并且可以有效的控制燃油消耗量。

而6速自動變速箱的優勢在于換擋迅速，輸出平順，可以為乘用者提供出色的乘用舒適性。自動擋車型不提供在很多車上成為雞肋的手動換擋模式，只提供一個稍微激進一點的S運動擋，降低成本外，也更符合這款車的定位。