摩托車駕駛證扣分是會直接影響到小車駕照的，因為現在國家已經實施兩證合一，也就是說摩托車駕駛證跟小車的駕駛證其實是在一張駕駛證上面的，而扣分當然也是會一起計算的，摩托車駕駛證和小車駕駛證并不是分開來看的，這兩張駕駛證合并在一起之后是共用12分。

比如說駕駛人原先擁有的是C1駕駛證，后來又考取了摩托車D駕駛證，那么這兩種駕駛證合并在一起就是c1d駕駛證。而駕駛人所持有的駕駛證依舊是只有一本，其實不論是考取了多少種準駕車型的駕駛證，其最終駕駛證是只有一本的。

這一本駕駛證在一個記分周期里面是只有12分的，所以駕駛人如果騎摩托車的時候出現了違規行為扣分，會直接從這一本駕駛證上面的12分里面扣的。如果12分都扣完了，那么這本駕駛證就會直接被暫扣，這個時候駕駛員不論是摩托車還是小車都是不可以繼續開車上路行駛了。

因此對于駕駛人來說，在駕車的過程中不論是駕駛摩托車，還是小車都是需要謹慎駕駛，遵守相關的法律法規，避免扣分過多影響到駕駛證的正常使用。如果駕駛證扣滿12分，那么駕駛員就需要重新學習科目一并且重新參加考試，考試通過之后才能將記分清除，拿回駕駛證。