違章被扣分超過12分時，不同駕駛證的處罰方法不一樣，還有實習期和過了實習期的處罰也不一樣，所以需要根據(jù)相應的駕駛證階段去處理。

1、C1駕駛證被扣超過12分

需要在15天內去辦理相關手續(xù)，同時需要參加9天的法律、法規(guī)知識學習和考試，通過考試后才會把扣分清除，發(fā)還機動車駕駛證；考試不合格的，需要回家自己學習后再繼續(xù)參加考試，直到考試通過為止；如果不參加學習和考試的駕駛人，駕駛證會被停用。

2、A級和B級被扣分超過12分

根據(jù)駕駛證的新規(guī)，持有大型客車、牽引車、城市公交車、中型客車、大型貨車駕駛證的駕駛人，一個記分周期被扣滿12分時，需要降駕駛證最高等級的準駕車型駕駛資格，而且在相應的時間內不可以增駕回來，正常情況需要等三年到五年后才可以增駕回來。

3、實習期被扣超過12分

C1駕駛證如果在實習期被扣超過12分，會被注銷掉駕駛證，需要重新報名考駕駛證。A、B級的駕駛證如果在實習期被扣12分，會被注銷掉實習期的準駕車型駕駛資格，如果被注銷的不是最高等級的駕駛證，還需要降最高等級的處罰。