馬自達6阿特茲的安全座椅接口位于后排座椅上。安全座椅是一種專為不同體重（或年齡段）的兒童設計，安裝在汽車內，能有效提高兒童乘車安全的座椅。在汽車碰撞或突然減速的情況下，可以減少對兒童的沖壓力和限制兒童的身體移動從而減輕對他們的傷害。

阿特茲在安全性能上也有所提升，新車車身高強度鋼板的使用比例達60%，前后防撞梁強度達1800Mpa；其高剛性輕量化車身的整體強度提升了30%，而同時重量減輕了8%。另據測試結果顯示，時速100公里時阿特茲的最短剎車距離僅為37米，大大提高了駕乘安全性。