東方標致408變速箱采用的是日本愛信品牌變速箱，新408標配第三代6速手自一體式變速箱，同時低配車還有5速手動變速箱可選。也就是說標致408的變速箱分手動檔和自動檔，手動檔裝的變速箱型號是五檔箱<BE4>。自動檔裝的型號是愛信AT6的6速箱，提供了經濟、動力、雪地、手動4種智能模式選擇，滿足不同路況的駕駛需求。在不同路況及駕駛條件下，兼顧動力與平順、操控與油耗。寬闊的變速器速比范圍，使發動機在任何工況下都能選擇最適合的擋位進行工作，極大提高燃油經濟性。

同時“第三代6速手自一體變速箱”的設計還體現了高智能化，根據駕駛員的操作與車輛的狀態實現最優的擋位選擇與控制，如坡道邏輯控制、彎道擋位保持控制，使行程過程舒適、便捷、安全，提升了駕駛樂趣；同時保證換擋順暢、敏捷，實現了行駛動力與快速響應的完美結合，在節能、平順、靜音等多方面都有非常優異的表現。