當公司的車輛違章時，處理流程如下：

首先，駕駛車輛違章人應攜帶車輛行駛證、自己的駕駛證和身份證到車管所的違章窗口領號排隊。其次，提交相關資料并簽認處罰決定書。最后，在領到處罰決定書之日起的十五天內繳納罰款。

另外，如果公司車輛發生多次違章，可以在網上綁定多個駕駛證進行處理。但每輛車最多只能有三個駕駛證綁定，而一個駕駛證最多只能綁定三輛車。

綁定可在車管所或交管12123APP上辦理，但需要注意的是，必須在違章之前完成綁定，否則無法處理。

如果想要查詢非本人車輛的違章記錄，就需要使用交管12123軟件進行操作，但前提是需要先將該車輛備案登記綁定到賬號上才能在該應用程序中查詢并處理非本人機動車的違章。

在處理非本人機動車違章時，必須提供相關證件（行駛證、駕駛證、身份證等），并按照流程操作。

此外，代辦人處理的違章罰款費用不能使該駕駛員駕駛證記分累計超過12分，每次處理違章罰款也不得超過200元。