馬自達阿特茲的手動換擋模式可掛入S檔后通過上下撥動檔位進行加減檔位。手自一體變速器的手動升擋操作和手動變速箱是一個道理，即根據發動機的轉速，來決定升擋時機；手動模式下，當車輛剎車或減速時，變速器是會自動減擋的，駕駛員并不需要手動減擋，除非遇上需要強行減擋的情況（比如提速超車等）。更重要的是，在手動模式下駕駛，安全系數會比自動模式時更高。

阿特茲在安全性能上也有所提升，新車車身高強度鋼板的使用比例達60%，前后防撞梁強度達1800Mpa；其高剛性輕量化車身的整體強度提升了30%，而同時重量減輕了8%。另據測試結果顯示，時速100公里時阿特茲的最短剎車距離僅為37米，大大提高了駕乘安全性。